Menurut Cerita para sesepuh Desa tidak ada yang bisa menceritakan secara runtut mengenai berdirinya Desa Beji. sehingga mengenai legenda desa beji yang sesungguhnya hanyalah Tuhan yang maha tahu. para sesepuh Desa hanya dapat sekilas menceritakan khususnya Beji krajan yang pada awalnya pemukiman berada berdampingan dengan Desa Prendengan, atau lebih tepatnya di sebelah selatan sungai raga jaya. karena sesuatu hal, pemukiman berpindah ke sebelah utara sungai raga jaya yang sampai sekarang terkenal dengan nama beji krjan. di dukuh beji krajan inilah merupakan tonggak sejarah mulai berkembangnya pengetahuan dan peradaban, hal tersebut di buktikan dengan adanya berdirinya sekolah umum yang merupakan sentra pendidikandari desa sekitar wilyah Beji. selain itu juga awal berkembanya islam yang berdirikan dengan berdirinya masjid, yang sampai saat ini terkenal dengan nama Masjid Abdulah Umar. 

Daftar Kepala Desa Beji dari masa kemasa dapat dituliskan sebagaimana tertulis dibawah ini :

Tahun 1903 Nama Kepala Desa PAMOT

Tahun 1903-1930 Nama Kepala Desa  ABDULAH UMAR

Tahun 1931-1945 Nama Kepala Desa MARTAREJA

Tahun 1946-1855 Nama Kepala Desa AMAD RUSLAN

Tahun 1956-1871 Nama Kepala Desa MUHAMAD BAKRI

Tahun 1072-1989 Nama Kepala Desa AHMAD MUJAMIL

Tahun 1989-1998 Nama Kepala Desa PUDJO RAHARJO

Tahun 1999-2013 Nama Kepala Desa M. NIZAR

Tahun 2013-2019 Nama Kepala Desa SALIMI B

Tahun 2019-Sekarang Nama Kepala Desa NYANA