Menurut Cerita para sesepuh Desa tidak ada yang bisa menceritakan secara runtut mengenai berdirinya Desa Beji. sehingga mengenai legenda desa beji yang sesungguhnya hanyalah Tuhan yang maha tahu. para sesepuh Desa hanya dapat sekilas menceritakan khususnya Beji krajan yang pada awalnya pemukiman berada berdampingan dengan Desa Prendengan, atau lebih tepatnya di sebelah selatan sungai raga jaya. karena sesuatu hal, pemukiman berpindah ke sebelah utara sungai raga jaya yang sampai sekarang terkenal dengan nama beji krjan. di dukuh beji krajan inilah merupakan tonggak sejarah mulai berkembangnya pengetahuan dan peradaban, hal tersebut di buktikan dengan adanya berdirinya sekolah umum yang merupakan sentra pendidikandari desa sekitar wilyah Beji. selain itu juga awal berkembanya islam yang berdirikan dengan berdirinya masjid, yang sampai saat ini terkenal dengan nama Masjid Abdulah Umar.
Daftar Kepala Desa Beji dari masa kemasa dapat dituliskan sebagaimana tertulis dibawah ini :
Tahun 1903 Nama Kepala Desa PAMOT
Tahun 1903-1930 Nama Kepala Desa ABDULAH UMAR
Tahun 1931-1945 Nama Kepala Desa MARTAREJA
Tahun 1946-1855 Nama Kepala Desa AMAD RUSLAN
Tahun 1956-1871 Nama Kepala Desa MUHAMAD BAKRI
Tahun 1072-1989 Nama Kepala Desa AHMAD MUJAMIL
Tahun 1989-1998 Nama Kepala Desa PUDJO RAHARJO
Tahun 1999-2013 Nama Kepala Desa M. NIZAR
Tahun 2013-2019 Nama Kepala Desa SALIMI B
Tahun 2019-Sekarang Nama Kepala Desa NYANA